Parafia powstała prawdopodobnie pod koniec XIV w. Pierwsza wzmianka źródłowa o kościele pochodzi z 1477 r. Kolejny kościół drewniany został wzniesiony i konsekrowany w 1522 r. Na początku XVIII w. w wyniku pożaru został zniszczony. Nowy, obecnie istniejący, został wzniesiony w 1719 r. z fundacji Jana Bromirskiego, podkomorzego wyszogrodzkiego. Pod koniec XVIII w. miała miejsce przebudowa świątyni. Remonty prowadzono w latach 1862, 1947-1951 oraz 1972 - 1975. Od 1870 r. Parafia jest administrowana przez proboszczów z Bulkowa. W czasie II wojny Światowej, po aresztowaniu proboszcza z Bulkowa, kościół w Pilichowie był zamknięty. Wśród zabytków sztuki sakralnej na uwagę zasługują: obraz Św. Marii Magdaleny w bocznym ołtarzu z XVIII w., chrzcielnica barokowa z początku XVIII w. oraz monstrancja z XVIII w.